El IES Santamarca comenzó su andadura en 1965 como Instituto de Bachillerato con dos secciones delegadas. Una sección femenina dependiente del Instituto Beatriz Galindo y otra masculina dependiente del Instituto Ramiro de Maeztu. Más tarde, en el año 1969, se unificaron las dos en el Instituto Santamarca. Así se ha mantenido hasta el curso 2007/08. En 2008 se llevó a cabo la demolición del viejo edificio y en abril de 2010 se inauguró el nuevo centro.
Procedencia de los alumnos
El alumnado procede en su mayoría de los colegios públicos adscritos al instituto: “Arquitecto Gaudí”, ”Isaac Albéniz”, “Nicolás Salmerón”, “San Juan de la Cruz”, “Luis Bello”, “Padre Poveda”,"Ramiro de Maeztu”, “Patriarca Obispo Eijo Garay” y “Pintor Rosales”. y también de colegios privados o concertados de la zona. “